Иностранная организация выплачивает своим сотрудникам премии по программе долгосрочного вознаграждения за период, часть которого приходится на их работу в России. Организации, производящие выплаты физическим лицам, являются налогоплательщиками ЕСН. К организациям относятся, в частности, иностранные юридические лица. ЕСН облагаются выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц по трудовым и гражданско-правовым договорам, предметом которых является выполнение работ, оказание услуг. В налоговую базу включаются выплаты вне зависимости от формы их осуществления, в частности, полная или частичная оплата товаров (работ, услуг, имущественных или иных прав), предназначенных для работника. Начисленные организацией по трудовым договорам выплаты в пользу работников, в том числе иностранных граждан, облагаются ЕСН.                                                                        

(Письмо Минфина РФ № 03-04-06-02/127 от 19.12.08)

На период с 1 сентября 2008 года по 31 декабря 2009 года при отсутствии долговых обязательств перед российскими организациями, выданных в том же квартале на сопоставимых условиях, предельная величина процентов по долговым обязательствам, учитываемая в расходах, увеличена и равна ставке рефинансирования ЦБ РФ, увеличенной в 1,5 раза (по долговым обязательствам в рублях), либо 22 процентам (по обязательствам в иностранной валюте).Ранее по долговым обязательствам в рублях она равнялась ставке рефинансирования, увеличенной в 1,1 раза, а по обязательствам в иностранной валюте — 15 процентам. Такой порядок можно было применять при отсутствии сопоставимых долговых обязательств перед российскими организациями, а также по выбору налогоплательщика. Определять предельную величину расходов исходя из ставки рефинансирования можно как при отсутствии долговых обязательств перед российскими организациями, выданных в том же квартале на сопоставимых условиях, так и в случае их наличия.

Создание программы для ЭВМ на заказ, если иное не установлено в договоре, предполагает передачу исключительных прав на нее заказчику. Если в соответствии с договором исключительные права остаются за исполнителем, заказчик вправе использовать такую программу для собственных нужд на условиях безвозмездной простой (неисключительной) лицензии в течение всего срока действия исключительного права. Имущество или имущественные права считаются полученными безвозмездно, если их получение не связано с возникновением у получателя обязанности передать имущество (имущественные права) передающему лицу (выполнить для него работы, оказать услуги). Доходы в виде безвозмездно полученного имущества или имущественных прав признаются внереализационными доходами. Если получение заказчиком права на использование программы для ЭВМ для собственных нужд на условиях безвозмездной простой (неисключительной) лицензии не связано с возникновением у него обязанности передать имущество (имущественные права) исполнителю (выполнить работы, оказать услуги), то такое право будет признаваться его доходом для целей налогообложения прибыли.       

Операции по реализации услуг на территории РФ облагаются НДС. Оказание услуг на безвозмездной основе признается их реализацией. При реализации услуг на безвозмездной основе налоговая база определяется как их стоимость, исчисленная исходя из рыночных цен без включения в них налога. Услуги по безвозмездной передаче имущества в пользование облагаются НДС. Налог уплачивается за счет собственных средств налогоплательщика.

Вычеты НДС производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами товаров (работ, услуг) после их принятия на учет и при наличии у налогоплательщика соответствующих первичных документов.Если сумма налоговых вычетов в каком-либо налоговом периоде превышает общую сумму налога, образовавшаяся положительная разница подлежит возмещению налогоплательщику. Исключение составляют случаи, когда налоговая декларация подана налогоплательщиком по истечении трех лет после окончания соответствующего налогового периода. При этом зачет налога в разных налоговых периодах, то есть по частям от сумм налога, указанных в счетах-фактурах, не предусмотрен.